Conformément à ses règlements administratifs, le CGIPN est actuellement dirigé par un conseil d’administration composé de 12 personnes nommées et d’un Aîné conseiller. Le règlement n° 1 prévoit un maximum de dix directeurs nommés pour chacune des dix régions et un maximum de deux directeurs sans droit de vote nommés par l’Assemblée des Premières Nations (APN).
Un directeur est nommé dans chaque région par les membres de chaque région respective, conformément aux processus régionaux. Les directeurs sont nommés pour un mandat de trois ans.